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Le otto ZES sono istituite con decreto del Presidente del Consiglio dei ministri (DPCM), da adottare su proposta del Ministro per il Sud e la Coesione territoriale.

Le proposte di istituzione delle ZES possono essere presentate dalle Regioni “meno sviluppate” ed “in transizione”, così come individuate dalla normativa europea, con le modalità prescritte dal DPCM 25 gennaio 2018, n. 12 (Regolamento recante istituzione di Zone economiche speciali) che stabilisce modalità e condizioni per la presentazione della domanda, anche con riferimento al piano di sviluppo strategico da allegare, durata e criteri generali per l’identificazione e la delimitazione dell’area, nonché i criteri che disciplinano l'accesso delle aziende ed il coordinamento generale degli obiettivi di sviluppo.

L’amministrazione, come l’istituzione, delle ZES sono disciplinati dall’articolo 4 del decreto-legge n. 91/2017 e s.m.i., da ultimo modificato dal decreto-legge n. 77/2021 e s.m.i. (art. 57) che ha operato una riorganizzazione della struttura di funzionamento delle ZES, anche ai fini dell’attuazione degli interventi previsti dal Piano Nazionale di Ripresa e Resilienza (PNRR).

In particolare, si prevede:

• la modifica della procedura di nomina del Commissario straordinario di governo che presiede il Comitato di indirizzo per l’amministrazione dell’area e la composizione del Comitato medesimo;
• il rafforzamento dell’attività dei Commissari, con la creazione di un duplice supporto di personale tecnico e amministrativo al fine di garantire efficacia e operatività all’azione commissariale: uno con riguardo alla struttura dove si esercita l’attività presso la sede territoriale regionale di riferimento, l’altro presso l’Agenzia per la coesione territoriale;
• funzioni speciali ai fini della realizzazione degli interventi finanziati con il PNRR, con la previsione che i Commissari possano svolgere, per tali fini, le funzioni di stazioni appaltanti ed operare con poteri straordinari;
• prescrive l’adozione di linee strategiche tra le azioni commissariali all’interno delle ZES e la programmazione o riprogrammazione dei fondi strutturali.