La Programmazione nazionale vede la definizione di:
- Piani e Programmi finanziati dal Fondo per lo Sviluppo e la Coesione (FSC) 2007-2013 approvati dal CIPE, oltre a alcune specifiche assegnazioni del Fondo, operate per legge o anche attraverso Delibere CIPE a singoli progetti e iniziative di interesse nazionale.
- Programmi del Piano di Azione e Coesione (PAC) che, a partire dal 2011, sono stati definiti utilizzando le risorse nazionali del Fondo di Rotazione (art. 5 della legge n. 183/1987) derivanti dall'applicazione di un tasso di cofinanziamento ai Programmi Operativi europei inferiore al massimo previsto.
Nell’ambito dei Piani e Programmi nazionali del ciclo 2007-2013 possono essere previsti anche interventi ricompresi nei Contratti istituzionali di Sviluppo.