La Programmazione nazionale, ai sensi del decreto-legge 124/2023, vede la definizione di Accordi per la coesione che prevedono la definizione degli obiettivi di sviluppo e l’indicazione di specifici interventi da realizzare in forme di collaborazione condivisa tra le Amministrazioni titolari di fondi e l’Autorità politica con delega alle politiche di coesione. Ciascun Accordo deve essere approvato con delibera CIPESS, su proposta del Ministro per gli Affari Europei, il Sud, le Politiche di Coesione e il PNRR.
Per interventi di particolare rilevanza o complessità, può essere stipulato un "Contratto Istituzionale di Sviluppo”.
Il Ministro presenta ogni anno al CIPESS una relazione sullo stato di avanzamento degli interventi previsti dagli Accordi per la coesione.
La trasparenza delle politiche di coesione è garantita attraverso la pubblicazione dei dati relativi alla programmazione e attuazione degli interventi e dei documenti programmatici sul portale unico nazionale OpenCoesione.