Sono previsti due livelli principali:

• Governing Board (GB): ha compiti di impulso, indirizzo, monitoraggio e valutazione della Strategia e coordina il lavoro dei Thematic Steering Groups, incaricati dell'attuazione. È presieduto dal Paese che presiede pro tempore l'Iniziativa Adriatica e Ionica (AII), sostenuto dalla Commissione (Direzione Generale per la Politica Regionale e Urbana, DG REGIO) che ha un ruolo guida sul coordinamento strategico della EUSAIR. La cooperazione tra la Presidenza attuale, la precedente e la futura (trio di Presidenza) permette la valorizzazione delle attività avviate e la condivisione dei nuovi temi da affrontare. Il GB è composto dai Coordinatori nazionali EUSAIR nominati da ciascun Paese (MAECI e PCM-DPCoe per l’Italia), dai Coordinatori nazionali di ciascun Pilastro formalmente nominati, da un rappresentante del Parlamento europeo, da un rappresentante del Comitato delle Regioni, da un rappresentante del Comitato Economico e Sociale, dal Segretariato IAI, dall’AdG del Programma ADRION e dai rappresentanti del Facility Point EUSAIR, struttura di supporto alla governance della Strategia nel periodo 2014 -2020.

• Thematic Steering Groups (TSGs): corrispondenti ai 4 Pilastri della strategia, sono presieduti a turno, su base triennale, da due Coordinatori nazionali di Pilastro e svolgono la principale funzione di identificare azioni/progetti di interesse comune dei Paesi dell’area, assicurando coerenza e complementarietà con le azioni degli altri Pilastri, nonché individuare le fonti finanziarie per la loro realizzazione.

L’Italia è coordinatore del Pilastro 2 insieme alla Serbia ed alla Macedonia del Nord ed è rappresentata dal Ministero delle infrastrutture e dei trasporti (MIT) per la parte trasporti e dal Ministero dell'ambiente e della sicurezza energetica (MASE) per la parte relativa alle reti energetiche. La partecipazione italiana ai TSGs è assicurata dai rappresentanti delle Amministrazioni centrali e regionali individuati quali Focal Point in ciascun Pilastro.

E’ infatti prevista a livello nazionale un’articolata governance multilivello per garantire un’attuazione coordinata della Strategia attraverso la Cabina di regia (istituita con Delibera CIAE n. 1/2015) co-presieduta dal MAECI e dalla PCM (DIPE e DPCoe) e partecipata da tutte le Amministrazioni centrali e regionali interessate dalla EUSAIR. Il coordinamento della partecipazione regionale è assicurato dalla Regione Marche.