Il Comitato di indirizzo è il soggetto intitolato per la gestione della ZLS. È istituito con decreto del Presidente del Consiglio dei ministri, su proposta del Presidente della regione. È composto da Presidente della regione o suo delegato (in caso di ZLS interregionale, la presidenza è assegnata a uno dei Presidenti delle regioni interessate come individuato nel Piano di sviluppo strategico, o a un suo delegato), Presidente dell'Autorità di sistema portuale e un rappresentante per ciascuno delle seguenti Amministrazioni: Dipartimento per le politiche di coesione e per il Sud della Presidenza del Consiglio dei ministri, Ministero delle infrastrutture e dei trasporti, Ministero delle imprese e del made in Italy, Consorzi di sviluppo industriale (laddove esistenti). Il Presidente della provincia o delle province coinvolte e i Sindaci dei comuni interessati o loro delegati partecipano in qualità di uditori.
Il Comitato di indirizzo ha il compito di:
- Definire le modalità di convocazione delle riunioni, le procedure decisionali e il coinvolgimento degli enti locali, delle associazioni imprenditoriali e delle organizzazioni sindacali;
- Delegare specifiche azioni di attuazione della ZLS, mantenendo un approccio collegiale;
- Assicurare gli strumenti che garantiscano l'insediamento e il funzionamento delle aziende nella ZLS, promuovendo la zona e facilitando l'accesso ai servizi;
- Promuovere forme di collaborazione tra lo sportello unico amministrativo dell'Autorità di sistema portuale e gli sportelli unici dei Comuni territorialmente competenti;
- Definire le condizioni di accesso alle infrastrutture esistenti;
- Monitorare le attività delle imprese beneficiarie e verificare il rispetto delle normative e degli accordi;
- Assicurare l’individuazione del soggetto responsabile dell’inserimento dei dati identificativi di ogni singola iniziativa nel sistema di monitoraggio unitario istituito presso il Ministero dell’Economia e delle Finanze;
- Proporre eventuali modifiche al perimetro della ZLS nel rispetto dei limiti stabiliti;
- Proporre la perimetrazione delle zone franche doganali (approvata dall'Agenzia delle dogane e dei monopoli entro sessanta giorni dalla proposta)