È istituita la Cabina di Regia ZLS, presso la Presidenza del Consiglio dei Ministri, con compiti di coordinamento generale delle politiche in ambito ZLS. La Cabina è presieduta dal Ministro per gli Affari Europei, il Sud, le Politiche di Coesione e il PNRR, e comprende i ministri indicati dal regolamento ZLS, i presidenti delle regioni e delle province autonome interessate, nonché i presidenti dei Comitati di Indirizzo delle ZLS. Si riunisce periodicamente per monitorare l'attuazione delle politiche ZLS e valutare l'efficacia delle misure adottate.

Il Dipartimento per le politiche di coesione e per il Sud della Presidenza del Consiglio dei Ministri assicura il monitoraggio degli interventi e degli incentivi concessi nelle ZLS. In collaborazione con il Comitato di Indirizzo, elabora un piano di monitoraggio che consente di valutare l'efficacia delle iniziative attraverso indicatori come il numero di nuove imprese, di nuovi occupati, il fatturato delle imprese e il valore degli investimenti. Dopo sette anni dall'istituzione delle ZLS, e successivamente almeno ogni due anni, valuta i risultati ottenuti e propone eventuali modifiche o integrazioni al decreto istitutivo della ZLS.